皖南医学院总共有19个专业。皖南医学院本科专业有17个：预防医学、临床医学、麻醉学、医学影像学、口腔医学、法医学、护理学、药学、生物医学工程、制药工程、保险学、信息管理与信息系统、公共事业管理、法学、药物制剂、应用心理学、医学检验。皖南医学院专科专业有2个：护理、药学（专科）。