昌吉学院总共有21个专业。昌吉学院本科专业有19个：科学教育、新闻学、小学教育、中国少数民族语言文学、自动化、学前教育、计算机科学与技术、物理学、公共事业管理、应用化学、工商管理、化学、思想政治教育、数学与应用数学、教育学、应用物理学、教育技术学、汉语言文学、英语。昌吉学院其他专业有2个：化学工程与工艺、能源工程及自动化。