学校拥有14所附属医院（临床医学医院），包括：首都医科大学附属北京宣武医院(第一临床医学院)首都医科大学附属北京友谊医院(第二临床医学院)首都医科大学附属北京朝阳医院(第三临床医学院)首都医科大学附属北京同仁医院(第四临床医学院)首都医科大学附属北京天坛医院(第五临床医学院)首都医科大学附属北京安贞医院(第六临床医学院)首都医科大学附属复兴医院(第八临床医学院)首都医科大学附属北京佑安医院（第九临床医学院）首都医科大学附属北京口腔医院(口腔医学院)首都医科大学附属北京儿童医院(儿科医学院)首都医科大学附属北京安定医院(精神卫生学院)首都医科大学附属北京妇产医院(妇产医学院)首都医科大学附属中医医院(中医药临床医学院)首都医科大学预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）首都医科大学康复中心（中国康复研究中心）