沈阳药科大学总共有22个专业。沈阳药科大学本科专业有19个：药事管理、应用化学、临床药学、环境科学、药学（食品药学方向）、药物化学、药学（理科基地班）、制药工程、药学（日语强化班）、生物工程、葡萄与葡萄酒工程、中药制药、生物制药（生命基地班）、国际经济与贸易、工商管理、市场营销、中药学、中药学（日语强化班）、中药资源与开发。沈阳药科大学其他专业有3个：生物医学工程、生物制药、药物分析。