福建农林大学金山学院总共有29个专业。福建农林大学金山学院本科专业有22个：农学、植物保护（植物检疫方向）、计算机科学与技术、林学、电子信息工程、国际经济与贸易、电子科学与技术、财务管理、工商管理、食品质量与安全、人力资源管理、行政管理、食品科学与工程、旅游管理、化学工程与工艺、工程管理、土木工程、电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、英语、广告学、艺术设计。福建农林大学金山学院其他专业有7个：交通工程、公共事业管理、农村区域发展、园艺、园林、动物医学、植物保护。