目前国内没有权威的学校排行榜，按艾瑞深中国校友会大学排行榜公布的数据看，南京医科大学2020年全国排名第130位；按武书连大学排行榜看，南京医科大学2021年全国排名第61位；按软科排名版大学排行榜看，南京医科大学2018年全国排名第55位；按USNews中国大学排行榜看，南京医科大学2021年全国排名第78位。

（校友会版）

（武书连版）

（软科版）

（USNews版）

南京医科大学，简称“南医大”，是教育部、中华人民共和国国家卫生健康委员会、江苏省人民政府共建高校和江苏高水平大学建设高校，也是国家“双一流”建设高校、教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、国家“特色重点学科项目”建设高校。

截至2022年2月，学校建有江宁校区、五台校区以及康达学院连云港校区；设有19个学院，开设25个本科专业；拥有25所附属医院和50多所教学医院；拥有博士后科研流动站6个、一级学科博士学位授权点8个、二级学科博士学位授权点54个、交叉学科博士学位授权点5个、专业博士学位授权点2个、一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点65个。